大神一郎率いる帝国華撃団により、黒之巣会の魔の手から江戸は救われ平和な毎日が続くはずだった。
それから時は流れ舞台は広島に移り新たな敵、深海より現れる艦艇群[深海棲艦]により人類が制海権を喪失した世界で唯一深海棲艦に対抗できる力、歴戦の軍船の血をひく[艦娘]達と強い霊力を持つ大神一郎の息子大神大雅提督の制海権をかけた戦いが始まる。
それから時は流れ舞台は広島に移り新たな敵、深海より現れる艦艇群[深海棲艦]により人類が制海権を喪失した世界で唯一深海棲艦に対抗できる力、歴戦の軍船の血をひく[艦娘]達と強い霊力を持つ大神一郎の息子大神大雅提督の制海権をかけた戦いが始まる。