だったらその設定からバッサリ無くしても誰も文句は言わないと思います。
（むしろ"神様転生が1番のご都合主義だ"、と読んだ人全員が考えたはず）

自分としては、"序章"は全カットでも全然違和感無いのでは？と感じました。苦労も知らずに偉そうな事言ってすみません。
しかし、物語上は主人公が「自身に降りかかる逆境を、全て己の努力と才覚のみで越えて行かねばならない」と言うのを理解してさえいればOK。
むしろそこに、"自称神"とか"主人公は一度死んでいる"とか付け加える事で、作品のテーマを確実に潰してしまっているのはもったいないです。（作者さんご自身も理解しているようなのでこの点は修正されると思いますが…）

まとめると、「読者が現実感をあまり持てない（しかも二次創作ではありふれている）ご都合主義筆頭の"自称神様"や"転生"などの設定を自分から用いる必要は無いのでは？」という事になります。

2. そして、主人公にどうやって"ご都合主義なんて無い"と自覚させ、"逆境を己の力のみで越えて行かねばならない"と理解させるのか…。
……めちゃくちゃ報われない人生を歩ませるとか？（漂うテンプレクール主人公臭）
とにかく、神や転生や憑依という設定を使わない場合は、一度主人公の設定を白紙にして、"違う作品を書く"というくらいの覚悟で修正した方が結果的に良くなるのではないでしょうか。（何事も急がば回れ）

3. さらに、主人公にしか反応しないISの扱いに関しては、"ISには人格のようなモノがある"という非常に便利な設定を使えば、ある程度は解決出来ると思います。"ISが主人公の境遇に共鳴した"とか、かなり無理矢理だけどISはまだ完全に解明出来てないから（震え声）
逆に、"主人公は『孤狼』の声が一方的に聞こえていた"という設定にすれば、呼び寄せられるように『孤狼』の元へ向かった理由にもなります。

4. 原作知識については、如何様にも弄くれるので作者の好みになると思います。
（例えば…主人公は"「IS」という物語の世界"だという事は認識しておらず、これから起こる出来事や主要人物についてのみ知っている。など）


文章をしっかり作って、真面目に書いているのが分かるので読んでいて安心できるのが高評価です。

長々と書いてしまって申し訳ありません。これからも頑張って下さい！

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