二年振りに家族と共に日本へと戻ってきた少年、神辺司(かんべつかさ)。そんな彼に突然日本の神の内の一柱、伊弉諾尊(いざなぎのみこと)が姿を現し、八百万の神々と人間のペアによって行われる争い――【八百万大戦(やおよろずたいせん)】について語り始める。
神々の間に起きていた事態、そしてその突然の出来事に司は困惑するものの、伊弉諾尊と共に八百万大戦を勝ち抜いていく事を決意する。
果たして、八百万大戦を勝ち抜いていく先にある真実とは何なのだろうか。