平昭0083年
食料危機に伴う意見の不一致により、第三次世界大戦が勃発してしまう
そして沈んでしまった共生主義側の海軍で軍神と呼ばれた男、桐生 忠敬は原初の母であるティアマトに出会い、戦争を終わらせるための戦いのために艦娘の姿となった軍神時代の相棒、改装空母艦ブラオメーアと剣を取る
そして、第三次世界大戦後期に登場した人体改造兵器「艦娘」と分かり合い、戦争を止めるために忠敬は深海提督として再び、戦いの海へと身を投じて行くのであった
食料危機に伴う意見の不一致により、第三次世界大戦が勃発してしまう
そして沈んでしまった共生主義側の海軍で軍神と呼ばれた男、桐生 忠敬は原初の母であるティアマトに出会い、戦争を終わらせるための戦いのために艦娘の姿となった軍神時代の相棒、改装空母艦ブラオメーアと剣を取る
そして、第三次世界大戦後期に登場した人体改造兵器「艦娘」と分かり合い、戦争を止めるために忠敬は深海提督として再び、戦いの海へと身を投じて行くのであった