日本最大の都市学園都市がある。科学と魔術の中間地点にいる女性、漣恵梨香。神様を殺せる「幻想殺し」を持つ上条当麻。上条当麻と漣恵梨香が１つの魔術の事件に巻き込まれる時物語が始まる。さてイレギュラーな彼らはどんな未来を作るのか？そんなの彼らにしかわからない。なぜなら『上条当麻』は神のシナリオを殺しす者であり、『漣恵梨香』は神のシナリオを上書きする語り人なのだから。
| 第0章 さらば日常 | |
| 一話 いつもの日常 | |
| 二話 電撃姫との出会い | |
| 三話 爆弾から始まる非日常 | |
| 第１章ようこそ魔術の世界へ | |
| 四話 魔術の世界からシスターさんが降ってきた | |
| 五話 とある女性のけじめ | |