《銀の福音事件》、そう呼ばれる出来事から一月半。
IS学園に所属する学生である真行寺修夜と仲間たちは、思い思いの夏休みを満喫しながら日々を過ごし、訓練に明け暮れる。
時折出てくる小さないざこざこそあるものの、平穏な日常は彼らを癒し、新学期に向けての活力を与える。

だが、平穏な日常の裏には必ず何かが忍び寄る。

降り注ぐ流星、捻れる空間、異形の使者――
遙けし刻の彼方から、未知との遭遇が押し寄せる。
同じ技術、同じ名前、されど違う意思と夢。
無数の可能性と奇跡がより集まるその場所で、機械仕掛けの群像劇の幕が開く。

これはIS(可能性)がX(交差)するU(世界)の物語。
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