とある魔術と戦う乙女。

ひょんなことから御坂たちの暮らす学舎の園に行く事になった上条、美墨、一方通行ら。
彼らはそこで、かつて美墨らプリキュアとの激闘を経て滅びたはずの敵、ベルゼイに遭遇する。

上条らは美墨らとともに、人知れず世界を揺るがすような事件に巻き込まれて行く…。