2034年、世界を巻き込んだ第三次世界大戦で使用された核兵器により不毛の地となったモスクワ。
2013年に博覧会駅、通称エキシビションで生を受けたアルチョム・チョルニは、戦争から21年が経った2034年には若くして地下都市「ポリス」のレンジャーとなっていた。
妻のアンナに否定されつつも地上の生存者探しに連れ出していた時、存在するはずのない蒸気列車を発見し、それを奪い取る事で地上を探索し、人類の生存可能域を探し当てようとする。
車両を奪ったあと、それを鎮圧する立場にあったポリスのスパルタン、ミラー大佐とその部下達を説得し、現地で出会った運転士イェルマークや旅先で出会った看護師のカティア、その娘ナスティア、技師クレストと共に安全な地上を探し求めた。
ヴォルガ川、ヤマンタウ山、北カスピアン海、タイガ…。
だが、アルチョムの妻アンナが、吸い込んだガスによって肺を蝕まれると、それを治すための医薬品を探して再び汚染域へと足を踏み入れた。
死と亡霊の街ノヴォシビルスクに、それはあった。
アンナの父ミラーとアルチョムの命懸けの探索によって薬を発見し、二人の命と引き換えにアンナは生き長らえた。
死したアルチョムとミラーを待っているのは、果てのない旅、見えない暗闇を走り続けるあの世の線路。
だが、目覚めた二人を待っていたのは、物理的に到達するはずのないアメリカのとある駅だった。
メトロ側の人物名やアイテム名などはゲーム依存です。