【聖龍伝説 気高き二次元人たち】の続編です。

 聖龍隊が「異次元からの脅威」との大戦に勝ってから年月は過ぎ、時は2013年。
 現実の人間である三次元人と、三次元人の思想概念から生まれた二次元人は数多の確執や衝突を繰り返しながらも共生の道を探ってた。
 そんな折、三次元人が新たに生み出した「新世代型二次元人」の存在が世界に、そして歴史を大きく左右する事件が勃発。
 新世代型二次元人である国連総長・足正義輝が発起した「現政奉還」が、世界を乱世に引き戻す!
 既に初代聖龍隊総長・小田原修司が引退して不在の聖龍隊は、この現政奉還をどう乗り切るのか!