高校2年生の春、主人公が通う私立水明館高校に「トワイライト・クラブ(黄昏部)」という正体不明の部活が設立される。
放課後の「誰も使わない旧校舎の屋上」を拠点に、主人公とヒロインたちは日常の中に潜む「小さな違和感」を解き明かしていく。