青年、浅日怜はあの日の事件から深月フェリシアの保護者になった。
怜はフェリシアがあの日魔法少女になることを選んだことを後悔しており彼女が魔女との戦いで無事に帰ってくること、そして彼女と親しく笑えあえる友達が出来るよう日々彼女の幸せを願っていた。
そんなある日のこと、怜は買い出しの帰りの電車であの日見た魔女の気配を感じた。魔女の所に向かおうとしている少女を見た怜はあの日の惨劇を繰り返さないようその跡を追った。
その行動により浅日怜は神浜市で起きている噂に巻き込まれるのであった。
あの日見た魔女を探すため、浅日怜は魔法少女と共に立ち向かう。