星歴2149年、モルフォをはじめとするレギオンの猛攻でサン・マグノリア共和国は滅亡。しかし、ギアーデ連邦に亡命したシイエイ・ノウゼンらに率いられた精鋭部隊の活躍で撃退、モルフォについては破壊に成功した。この後部隊は再編制され、かつてサン・マグノリア共和国軍でシンたちを「人間」として扱い、指揮してきたヴラディレーナ・ミレーゼの指揮下に置かれることになった。

やがて戦場には伝説上の存在でしかなかった「ガンダム」が介入したことで事態はより複雑化していく。そこには生きていないはずの当時のMSパイロットも同席していた。

「将来、宇宙に適応した新人類の発生が認められた場合、その者達を優先的に政府に参画させる」
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