魔術の代償により、「ピーター・パーカー」という人間の記憶を世界中から消去された青年ピーター。天涯孤独となった彼は、次元の歪みに巻き込まれ、神聖ブリタニア帝国が支配するもう一つの地球、植民地「エリア11（旧日本）」へと辿り着く。身分証も帰る場所もない過酷な世界。しかし、ピーターはアパートのミシンで縫い上げた鮮やかな赤と青の「ハンドメイドスーツ」を身に纏い、圧倒的なナイトメアフレームの脅威から無力な人々を救うため、再び「親愛なる隣人・スパイダーマン」として孤独な戦いを始める。やがてピーターは、ブリタニアへの復讐に燃える謎の男「ゼロ」ことルルーシュ・ランペルージと出会う。目的のためなら手段を選ばずテロも辞さないルルーシュと、目の前のたった一人の命も諦めないピーター。二人の信念は激しく衝突する。ルルーシュの切り札である「絶対遵守のギアス」を第六感（スパイダーセンス）で回避するピーターは、ルルーシュにとって計算を狂わせる「最強のイレギュラー」となっていく。しかし、偽名を使い本名を隠して生きるルルーシュもまた、ピーターが背負う「世界から忘れられた孤独（忘却）」の痛みを理解できる唯一の男だった。巨大な帝国という悪に立ち向かう二人のヒーロー。反逆のチェス盤の上で、蜘蛛の糸が紡ぐ新たな運命の歯車が回り出す