徳川幕府の発足後、忍の流派の殆どが統一され、主君ではなく国に使える新たな忍びの形、忍術協会が生まれてから長い年月が経った世界。
そんな世界にあっても主君への忠義を忘れず、忍術協会に与しない秘術使いの家系があった。

しかし、結局はそれも表向きの話、実情は忍術協会から任務を斡旋して貰うことで食いつなぐ日々。忍術協会に所属すればもっと待遇が良くなるにも関わらず、所属しない方針を取る当主の考えに嫌気が差していた跡取り息子の雷電左近は、ある日忍術協会の忍者養成機関に所属する生徒がとある工業施設に入っていくのを目撃する。そして、気まぐれにその生徒の後をつけたことをきっかけに物語は大きく動き出す。

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