マスターズトーナメントのサトシの闘いのみ改変させたストーリー。Zワザ、ダイマックス、メガシンカは合計3回まで可能という設定を追加。手持ちを変更し、サトシは多くのZワザを持っていることとする。
| 一話 サトシ出陣！VSダイゴ！！−epⅠ− | |
| 二話 サトシ出陣！VSダイゴ！！−epⅡ− | |
| 三話 サトシ出陣！VSダイゴ！！−epⅢ− | |
| 四話 サトシ出陣！VSダイゴ！！−epIV− | |
| 五話 セミファイナルⅡ 『幻惑』 | |
| 六話 セミファイナルⅢ『武勇』 | |
| 七話 セミファイナルIV『衝撃』 | |
| 八話 ファイナルⅠ『激流』 |