第四次世界大戦の勃発と同時に世界中を大災害が襲った。世界各国の主要都市で核兵器がおぞましい火柱を上げ、連続的な火山の噴火により火山灰は空高く舞い、これらの粒子が空を紅く染めた。人々はこの戦争と災害を合わせて「紅い終局」と呼んだ。それから16年後、辛うじて生き残った人類は復興の道を歩んでいた。日本国もこの例外ではなく、紅い終局で大打撃を受けた関東地方は「関東都」という大規模なメガロポリスに生まれ変わり、その中心地として「新東京市」が建設されている。人々は明日に希望を持って復興に励み、小さいながらも幸せを得ようと生きている。しかし、そんな彼らの生活を脅かす存在がいた。紅い終局の混乱期から悪名を轟かす、非合法武装組織「GR会」である。日本政府はGR会に対応するために「国民保護隊」を設立した。街の平和のために、国民保護隊は今日も戦う。