高校生になったばかりの神無 蒼牙はひょんなことから幻想入りしてしまった。そこで彼は仲間たちと共に異変を解決していくことになり、彼らが幻想郷と出会ってしまったことで、後に起きるすべてを巻き込んだ大事件が起きることになるとは、彼らは勿論、幻想郷の賢者さえ、予想だもしていなかった。
| 序章 | |
| 序幕 | |
| 第一章 気象異変 | |
| 第1話 異常気象発生 | |
| 第2話 黒幕VS霧雨魔理沙 | |
| 第3話 山頂の決戦前 | |
| 第4話 山頂の決戦 | |
| 第5話 神々の顕現 | |
| 第6話 神との賭け | |
| 第7話 神人ゼウス | |
| 第8話 管理者の目的 | |
| 第9話 神々との話し合い | |