「はにゃーん……なんて、もう純粋な気持ちで言えないよぉ……っ!」
友枝小学校に通う小学四年生、木之本桜。ある日、父の書庫で謎の本を見つけ、風(WINDY)のカードでクロウカードを解き放った瞬間、運命が激変する。
突風に煽られて本を踏みつけ、本棚に後頭部を強打。その衝撃で蘇ったのは、「CCさくらを含めて色んな作品を愛した、前世の陰キャオタク」としての記憶だった。

魔法少女としての使命に目覚めると同時に、メタすぎる知識と『ジョジョ』の黄金の精神、そして何より「知世ちゃんは聖母で推し」という偏った情熱を抱えてしまったさくら。
本物の身体能力はある。けれど、中身の精神(オタク)によって「実戦の恐怖」に悲鳴を上げる。そんな時、彼女を突き動かすのは、ビデオカメラを回す親友・知世の笑顔だった。
「知世ちゃんは、私が傷つくのが一番嫌なんだ……だったら、恐怖を我が物にして戦うしかないんだ!」
知世の衣装に宿る「愛という名の呪力」を背負い、さくらは震える足で空を舞う。
純粋な少女の心と、限界オタクの知識がマーブル状に混ざり合う、新生カードキャプターさくらの物語、開幕!