ジェネレーションシステムを管理する妖精、ゲイツとキュアコスモスはオルタネイムの襲撃を受けてしまう。
キュアコスモスの残したプリキュアの力とジェネレーションシステムのカギを手に1人逃れたゲイツはオルタネイムに対抗するため、プリキュアを集める旅に出ることとなる。
そんな中、1人の少女、京に出会い、共にオルタネイムに対抗するために次元の旅に出るのだった。
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キュアコスモス:
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キュアコスモスの残したプリキュアの力とジェネレーションシステムのカギを手に1人逃れたゲイツはオルタネイムに対抗するため、プリキュアを集める旅に出ることとなる。
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