新型トリオン兵にトリオン器官と共に心臓を抉られ瀕死の状態だった少年-衛宮士郎は父-切嗣のブラックトリガーにより、奇跡的に一命を取り留める。
それから五年の月日が過ぎ、士郎は三門市に身を寄せていた。
そこで彼は自分と同じく近界民（ネイバー）の少年・空閑遊真と界境防衛機関（ボーダー）所属の少年・三雲修、膨大なトリオンを持つ少女・雨取千佳と出会い戦闘へと巻き込まれていくー
それから五年の月日が過ぎ、士郎は三門市に身を寄せていた。
そこで彼は自分と同じく近界民（ネイバー）の少年・空閑遊真と界境防衛機関（ボーダー）所属の少年・三雲修、膨大なトリオンを持つ少女・雨取千佳と出会い戦闘へと巻き込まれていくー