人口の8割が学生の街、学園都市。そこでは最先端の科学が開発されている。その中で大きな意味を持つ超能力。普通の高校生、上条当麻は無能力者。だが彼の右手はいかなる能力を打ち消すことができるイマジンブレイカーだった。ある日インデックスという少女と出会う。彼女は魔術師から逃げてきたという。彼女の頭の中には10万3,000冊の魔道書が保管されている。それを狙う魔術師、暗躍する科学の闇、そして異世界からの謎の訪問者。科学と魔術が異世界で交差する時物語は始まる。
| プロローグ | |
| 三沢塾 | |
| 黄金錬成アルスマグナ | |
| 吸血殺しディープブラッド | |
| リムル・テンペスト登場 | |
| とある日常 | |
| お姉様ミサカミコト | |
| 御坂妹シスターズ | |
| レベル6シフト計画 | |
| 最弱かみじょうとうま | |
| 魔王登場 | |
| 天使崩しエンゼルフォール | |
| 父親カミジョウトウヤ | |
| 大天使カミノチカラ |