現代最強の兵器『IS』が生み出されてから早十年。
ISが女性にしか扱えない事によって流行りだした女尊男卑は日本を筆頭に世界中へと広まりつつあり、情勢は不安定化。
それを武力で制御する為に、各国はISを劇的に強化する未知のプログラム『オーバーコマンド』の捜索を続けていた。

そんな中、二人の男性がISを動かしてしまう。
一人は世界最強のIS操縦者の実弟『織斑一夏』。
そしてもう一人──OC(オーバーコマンド)の一つをその身に宿した青年、『三之川鉄也』(みのかわてつや)。
彼らはIS学園へと入学し、様々な事件へと巻き込まれていく。
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