西暦2015年6月。その存在は突如として現れた。HiMATと呼ばれる既存の戦闘機を圧倒する機動力、兵器の電子妨害どころか人の知覚感覚をも狂わす「EPCM」を持ち、最初に目撃例のあった中央アジア地域、中国の言葉で災厄を表す「ザイ」と呼称された。目的は不明。総数も不明。分かっているのは、その圧倒的な性能。未知の侵略者に、人類は徐々に生活圏を狭めていく。
 西暦2017年。中国はザイの占領下に落ち、上海沖で脱出艇に乗っていた鳴谷慧はザイの空襲を受けた。その脱出の最中、赤色の光を湛えた戦闘機が飛来し、ザイを空戦で撃墜する。そして自分を助け、洋上に不時着した機体のパイロットを救助しようとした慧は、その赤い戦闘機のパイロットらしき少女、「グリペン」と出会う。
 そして西暦2020年2月。フォートグレイス基地・・・
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