碇シンジがNERVに呼び出され、第三新東京市へやって来た頃。
鈴原トウジは、本来ならばエヴァンゲリオン初号機の戦いに巻き込まれ、妹を傷つけられた怒りからシンジを殴り、そして第4の使徒との戦いを経てエヴァに乗る少年になる――はずだった。
だが、この世界のトウジは違う。
彼はある日、自分の中に存在する「もう一つの声」に気づく。
それは、第13使徒――バルディエル。
本来ならエヴァンゲリオン参号機を侵食し、トウジの命と引き換えに殲滅されるはずだった使徒だった。
しかし、侵食率が100%を超えた瞬間。
トウジはバルディエルに問いかける。
「お前は……本当に俺を殺したいんか?」
その問いに、バルディエルは初めて言葉を返す。
そして二人の間に、通常の人間と使徒には存在しない関係
「契約」が成立する。