◇隕石の中から発見された究極生命体・シャドウの身体に宿る強大な力を欲した国防軍、G.U.N.の襲撃によって、孫娘のマリアを失ったプロフェッサー・ジェラルドが人類への憎しみを募らせ立案した、人類滅亡計画。
巨大光学兵器エクリプスキャノンによって半径四万km以内にある物全てを焼き尽くし、地球に住む全ての人類を滅ぼす。
唯一家族とも言える存在だったマリアを失ったシャドウも、マリアを奪われた悲しみと怒りに呑まれ、その計画に協力することを誓います。

…けれど計画の成就する間際、自分がしようとしている事がかつてG.U.N.がマリアにしたことと同じであると気づいたシャドウは、徐々にその決意を鈍らせます。

復讐という目的も失ってしまったシャドウは、失意の中、今は亡きマリアと共に星空を見上げた時の会話を思い出していました……
《おじい様が言ってた、星の光は何百年もかけて地球に届くって。光が届いた時には、もうその星はないかもしれない。》
《……星が死んでも、光は輝き続ける。》
…たとえマリアが居なくなってしまっても、愛は永遠になくならない。
マリアの愛も、シャドウの愛も。

ついに自らの過ちを認めたシャドウは、自らの命をかけて地球を守ることを決めます。
人類を守るため、自分の命をなげうつ覚悟でエクリプスキャノンの発射による地球の滅亡を阻止し、炉心に負荷がかかりすぎたエクリプスキャノンの爆発からも地球を守ることに成功。
ですが最期の瞬間までエクリプスキャノンから地球を守ろうと戦っていたシャドウは、地球の平和と引き換えにその命を落としてしまう……

────はずでした。
あの爆発で死んだはずのシャドウは、しかし確かにこうして目覚め、「学園都市キヴォトス」という見たことも聞いたこともない地に居ました。
……瀕死の重症と、記憶喪失という深手を負いながら。

これは、記憶を失った究極生命体が、透き通るような青空の下で再びその人生を歩み始める物語。
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