ある日突然、艦これの世界に飛ばされてしまった少女有希乃(ゆきの)

しかし、飛ばされた艦これの世界は、有希乃が知っている艦これとは全く違うモノだった

秘書艦を務める翔鶴の話では、突如現れた艦娘だけを執拗に狙う謎の存在『虚無(きょむ)』によって、艦娘達は次々と討たれてしまい、もはや残っているのは自分を含めた二十隻だけだと言う

翔鶴は有希乃を、孤立無援な自分達の元にやってきた最後の提督だと言い、艦隊の指揮を任せるのだが……