数十年前【ウルトラビースト/UB】襲来により、地上のポケモンは絶滅寸前にまで追い込まれた。
だが、勇気あるポケモンは奮起し、後に【ポケット戦争】と呼ばれる激戦を制し、多くの犠牲を払いながらも一時的な終わりを迎えた。
これで終わりを迎えたと思われたが、混乱に乗じて犯罪に手を染めるポケモンが現れる様になってしまい、地上は再び危機に瀕した。
そこでイルカマンを筆頭としたポケモン達の手により、彼らは地上から隔たれた地下大監獄へ収容される事となる。

そして時は流れ、現在。
記憶を無くし、自分の罪がわからないまま、この大監獄に収容された【イーブイ/エボ】。
1000年という果てしない刑期を与えられ、「地獄」と呼ばれる監獄から無事に出る事はできるのか。
彼の犯した罪とは……? 記憶を思い出す度に衝撃の真実が明かされる。

希望のミッション、スタート────。
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