"大海賊時代"開幕以来最大の戦い、『マリンフォード頂上戦争』は、数多の命の散り華として幕を閉じた。そして戦争の引き金となった男、火拳のエースは恩人白ひげと共に死んだと思われた。だが、運命は彼の死を受け入れない。死んだはずのエースが再び目を開けると、そこには一人の少女とフェレットが自分を見つめていた。『魔法少女リリカルなのはACE』、堂々の開幕っ！！
- プロローグ (改)
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無印編
- 第一話 邂逅 ～ 共鳴する願い
- 第二話 目覚めと生存 ～ 新たな世界 (改)
- 第三話 温かなる友 ～ 胎動 (改)
- 第四話 お茶会 ～ 変わり出す日常 (改)
- 第五話 もう一人の魔法少女 ～ 出会いは突然に (改)
- 第六話 新たな相棒と温泉旅行 ～ 誓いの印 (改)
- 第七話 相対 ～ 束の間の安らぎ
- 第八話 二度目の邂逅 ～ 真夜中の決闘 (改)
- 第九話 葛藤と友情 ～ 託すものと託されるもの (改)
- 第十話 激突する想い（前編） ～ 覚悟と信念 (改)
- 第十一話 激突する想い（後編） ～ 起動する覚悟 (改)
- 第十二話 偉大なる証 ～ それぞれの思い
- 第十三話 出会いと必然 ～ 次元の海へ (改)
- 第十四話 潜入Ⅰ ～ すれ違う者達 (改)
- 第十五話 潜入Ⅱ ～ 母の定義 (改)
- 第十六話 真実の断片 ～ 求める心と怒れる魂 (改)
- 第十七話 夕暮れの決闘 ～ 乱入者 (改)
- 第十八話 時空管理局 ～ 信念と願い (改)
- 第十九話 契約と約束 (改)
- 第二十話 海に生きる者（前編）
- 第二十一話 海に生きる者（後編）
／連載：43話／更新日時：2026年09月09日(水) 17:35 
／連載：133話／更新日時：2026年10月11日(日) 12:00 
／連載：45話／更新日時：2026年10月30日(金) 18:00 
／連載：39話／更新日時：2026年10月05日(月) 21:54