2018年。突如として続発した謎の海難事故は、瞬く間に世界的な問題へと発展した。
そして2022年。その問題は人類への脅威に変わる。
正体不明の生命体、深海棲艦に世界の海を閉ざされた人類はなおも絶望的な抗戦を続けるが、壊滅的結末を迎えるのはもはや時間の問題であった。
だがそんな人類の前に一筋の希望が現れる。それは深海棲艦に対抗出来得る力を持つ海から来た少女達であった。
これは彼女達艦娘と、人類の抗戦の記録である。