2013年、深海より異形の侵略者「深海棲艦」が突如現れ、世界は未曾有の危機に陥った。人類は圧倒的な犠牲を払いながらも反撃を続けるが、戦況は膠着状態に陥る。そんな絶望の中、わずか1か月という短期間で生み出されたのが「艦娘」と呼ばれる人造人型艦船たちだった。
彼女たちは戦時の軍艦の記憶と同等の力を持ち、次第に戦局を覆していく。しかし、戦いは長く続き、艦娘たちの謎や、彼女たちの正体を巡る真実は多くが闇に包まれていた。戦争終結から数年――戦争を直接知らない若き記者は、元提督の証言を求め、知られざる過去の扉を開く。
果たして、彼女たちの本当の姿とは？そして深海棲艦との戦いの裏に隠された秘密とは――。
彼女たちは戦時の軍艦の記憶と同等の力を持ち、次第に戦局を覆していく。しかし、戦いは長く続き、艦娘たちの謎や、彼女たちの正体を巡る真実は多くが闇に包まれていた。戦争終結から数年――戦争を直接知らない若き記者は、元提督の証言を求め、知られざる過去の扉を開く。
果たして、彼女たちの本当の姿とは？そして深海棲艦との戦いの裏に隠された秘密とは――。