2092年、魔法や機械により大きく世界は発展した。2045年に初めて世界で魔法が実在化し、2046年においてはAI搭載型人形無人兵器が誕生した。この発展は大きく技術を発展させ、人々の生活にとって当たり前の物となった。しかし、それと同時にテロ組織による事件なども起きるようになる。そんな時代の中、自衛隊所属の葉山裕翔は、突如上官の命令で第1魔法科高校へ入学する事になる。そして、これをきっかけに葉山裕翔にとって新たな戦いが幕を開ける事になる。