幻影帝国との戦いが終わり、世界に平和が訪れてから1年と少しが経った。愛乃めぐみ、白雪ひめ、大森ゆうこ、氷川いおならハピネスチャージプリキュアの4人は、無事に受験勉強を終え、その中学校生活も残すはあと１ヶ月となった。周囲の皆が将来の夢に向かって進み出す中、めぐみは自分の夢を見つけられずにいた。そんな悩める彼女に不穏な黒い影が迫る。そして遂には倒されたはずのサイアークまでもが現れて……。
自分が確認できた設定や情報から不明瞭な部分を補完して情景描写を行っている為、曖昧な表現や誤った描写が有るかと思いますがどうかご了承ください。また、ストーリー上原作の幕間や過去を捏造していますのでご注意ください（2023年現在）
自分が確認できた設定や情報から不明瞭な部分を補完して情景描写を行っている為、曖昧な表現や誤った描写が有るかと思いますがどうかご了承ください。また、ストーリー上原作の幕間や過去を捏造していますのでご注意ください（2023年現在）
| プロローグ | |
| 1.夢 | |
| 2.日常 | |
| 3.焦燥 | |
| 4.疲労 | |
| 5.出現 | |
| 6.変貌 | |
| 7.待望 | |
| 8.休息 | |
| 9.再来 | |
| 10.後悔 | |
| 11.追憶 | |
| 12.再開 | |
| 13.不安 | |
| 14.脅威 | |
| 15.停滞 | |
| 16.悪夢 | |
| 17.密会 | |
| 18.不穏 | |
| 19.夢想 | |
| 20.喧噪 | |
| 21.登場 | |
| 22.不知 | |
| 23.相談 | |
| 24.奔走 |