コズミック・イラ75年。ファウンデーション王国はコンパスのキラ・ヤマトを討ち取り、その後全世界にデスティニー・プランを施行させることに成功。各国政府は解体され、ファウンデーションは国号を大ファウンデーション帝国に改めて人類統一国家の樹立を宣言。世界はデスティニー・プランの下で絶対平和の福音に包まれた。
そして年号が改まりデステニー・イラ3年。
プラントに住むハーフコーディネーター、ユウ・ニニギはデスティニー・プランの選定によって大学教授からザフトへの入隊を決定される。日々の宇宙海賊との戦闘に心を病んでいくユウは様々な不幸の果てにファウンデーションとプラントの暗部であるナチュラルの子供たちをモルモットにした生体実験の秘密をしり、子供たちを連れてザフトを脱走。
追撃を逃れつつ、第二次大戦時に連合のレクイエムで破壊されたプラントコロニーに辿り着く。そこでユウはシーゲル・クラインの絶望から生まれたG.U.N.D.A.M「ジュディケーター」を見つける。そして彼の旅は始まる。絶対平和の裏側に隠された目を覆いたくなる絶望の果てにユウは何を見出すのだろうか?