東京湾に浮かぶ人工島「デュエルシティ」。

その中心に建つデュエリスト育成機関――デュエルアカデミア。

中等部3年A組へ赴任した新任教師・神崎雄輝は、デュエルの勝敗だけではなく、「考える力」を教える授業を信条としていた。

妹であり主人公の神崎小町は、月光デッキを操る中等部3年生。

兄の教えを胸に、学年ランキング1位・九条凛という大きな壁へ挑みながら、仲間たちとのデュエルを通して少しずつ成長していく。

しかし、その裏では海馬コーポレーションが主催するBattle Cityが動き始めていた。

教師、生徒、それぞれの想いを乗せたデュエルが交差し、4000LPという世界基準のルールが新たな戦略を生み出す。

勝利とは何か。

強さとは何か。

そして、本当に目指すべきデュエリストとは――。

熱きデュエルの先にある成長を描く、学園青春デュエルストーリー。
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