時は、1941年、永年に渡る欧米列強の差別をうけ、大日本帝国は開戦を決意する。そんな時、異常な台風が接近して、連合艦隊は異次元へと飛ばされる。そして、気づいた世界は......
| 扶桑皇国遣欧艦隊 | |
| 初陣 | |
| 所属部隊は 501統合戦闘航空団 | |
| 自己紹介 | |
| ストライクウィッチーズの任務 | |
| バルクホルンの過去 | |
| アフリカへ | |
| 上陸作戦 | |
| 首都爆撃 | |
| 首都突撃 | |
| エジプト解放 前編 | |
| エジプト解放 中編 | |
| エジプト解放 後編 | |
| 扶桑皇国へ 前編 | |
| 扶桑皇国へ 後編 | |
| 任命 | |
| 夜間哨戒前の交友 | |
| 遭遇 | |
| ブリタニア防空戦 前編 | |
| ブリタニア防空戦 後編 | |
| 訓練 前編 | |
| 訓練 中編 | |
| 訓練 後編 | |
| 交流 | |
| 最終決戦へ | |
| 最終作戦始動 | |
| 発艦 | |
| 空戦 | |
| 巣へ | |
| 陰謀始動 | |
| ウォーロックの攻撃 | |
| 武蔵 ネウロイ化 | |
| 帰還、そして |