20世紀末。人間界の文明の影で密かに発展を続け、独自の文化を積み上げてきた魔法界。
 
 魔法界から人間界に時折溢れ出す化物(フリークス)を刈り、長年人間界の平穏を維持してきた王立国教騎士団、通称HELLSING。
 
 本来ならば相互不干渉であり、本来ならば交わることない物語は、生き残った男の子と、奇しくも吸血鬼となった少女によって、今ここに交わっていく。