事故死した青年・久遠水湊は、神に与えられた選択の果てに、魔装機と精霊が息づく世界ラ・ギアスへ転移する。
与えられたのは、高いプラーナ、空間属性への適性、そして精霊の意思を受け取る感応の力。さらに彼は、白銀の小狐のファミリア“ナイン”とともに、空間の高位精霊ヴェネフィスに導かれ、異質な魔装機神ヴェネフィルディアと邂逅する。

しかし、それは力を与えられる物語ではない。
ラ・ギアスへ降り立った水湊に突きつけられるのは、「乗りこなしてみせろ」という精霊の試練だった。

異邦人として戦乱の只中へ放り込まれた水湊は、ヴェネフィルディアの操者としてラ・ギアスを生き抜き、やがて世界を越える旅へ踏み出していく。
これは、精霊と魔装機に選ばれたひとりの青年が、多次元世界を渡りながら自らの居場所を掴んでいく物語である。