願えば何でも実現されてしまう力を棄て、宇宙人や超能力者が本当にいると思い込んで探しているちょっと痛い普通の女子高生、涼宮ハルヒ。そして地球のどこかで今日も戦っている（らしい）ウルトラマンコスモスという本物の宇宙人。地球は今日もいつも通り、ありきたりの日常になる、そのはずだった。
しかしハルヒがカオスヘッダーと接触したことをきっかけに、ありきたりの日常が崩れていく。
失ったありきたりの日常を取り戻す戦いが幕を切った。
しかしハルヒがカオスヘッダーと接触したことをきっかけに、ありきたりの日常が崩れていく。
失ったありきたりの日常を取り戻す戦いが幕を切った。
| 第一章 日常の終りの予兆 | |
| 第二章 侵食される日常 | |
| 第三章 崩壊へのカウントダウン | |
| 第四章：蹂躙と絶望の連鎖（第一部） | |
| 第四章：蹂躙と絶望の連鎖（第二部：キョンの視点） | |
| 第四章：蹂躙と絶望の連鎖（第二部：長門有希の視点） | |
| 第四章：蹂躙と絶望の連鎖（第二部：古泉と朝比奈の視点） | |
| 第四章：蹂躙と絶望の連鎖（第三部：慈愛の敗北） | |
| 第五章：鋼鉄の雨、混沌の炎 | |
| 第六章：大海の業火 | |
| 第七章：沈黙の深海 | |
| 第八章：瓦礫の中の再会 | |
| 第九章：決戦の咆哮 | |
| 第十章：日食（エクリプス）の奇跡 | |
| 第十一章：天地鳴動、月下の決戦 | |
| 最終章（前編）：月下の審判、そして明日へ | |
| 最終章（後編）：落日の残響 | |
| 終章-番外編-1：深淵の管理（ペナルティ・ライフ） | |
| 終章-番外編-2：摩耗する絆、停滞の記録 | |
| 終章-番外編-3：静寂への帰還 | |
| 新章：涼宮ハルヒの輪廻 | |
| 第十三章：身代わりの守護者 | |
| 第十四章：災厄の胎動、抗う理性 | |
| 第十五章：沈黙の防壁 | |
| 第十六章：慈愛の降臨 | |
| 第十七章：破滅への回帰 | |
| 第十八章：摩耗した魂、三度目の朝 | |
| 第十九章：加速する特異点、招かれざる接触 | |
| 第二十章：無力な祈りと、殺意の境界線 | |
| 第二十一章：連帯する絶望、共犯の巨神 | |
| 第二十二章：蹂躙のパ・ド・ドゥ、あるいは無力な叫び | |
| 第二十三章：慈愛の捕食、拒絶の福音 | |
| 第二十四章：外部リソースへのアクセス、あるいは希望の模索 | |
| 第二十五章：実在する光、そして接触 | |
| 第二十六章：身代わりの代償 | |
| 第二十七章：既視感の地獄（デジャヴ・ヘドニック）と、無力な者たちの反逆 | |
| 第二十八-二十九章：残骸の対話、あるいは価値の再評価 | |
| 第三十章：五度目の朝、虚無の定常状態 | |
| 第三十一章：告白と、確定した未来 | |
| 第三十二章：三位一体の浄化 | |
| 第三十三章：カオスダークネス降臨 | |
| 第三十四章：ウルトラマンコスモス・フューチャーモード | |
| 第三十五章：ただいま、とおかえり |