両親を火災で失った少年・八神烈火は、異能訓練機関《C.A.L.E.》に入隊。自らに宿る異能と向き合いながら、仲間と共に成長し、国家の闇《赫焉計画》に挑む復讐と真実の物語。
| 第一章「赫焉の目覚め」 | |
| 「赤い夢、黒い現実」 | |
| 訓練校《C.A.L.E.》の門を叩け | |
| 焰牙テスト、開戦 | |
| 選抜者と落第者 | |
| 異能訓練開始 | |
| 選抜チームとの接触 | |
| 禁じられた記録 | |
| 歪んだ始まり | |
| 赫焉の因子 | |
| 選ばれた者たち | |
| 赫焉班、選択の時 | |
| 第二章「赫焉の影」 | |
| 間話 静かなる灯火 | |
| 赫焉の影 | |
| 影に抗う | |
| 赫焉班、始動 | |
| 焔の再設計 | |
| 炎の境界線 | |
| 赫焉vs赫焉 | |
| 静かなる灯火 | |
| 間話 束の間の陽だまり | |
| 赫焉班、再始動 | |
| 深淵の気配 | |
| 赫焉の檻 | |
| 赫焉計画、起動 | |
| 赫焉の残火 | |
| 第三章「赫焉の檻」 | |
| 観測者たち | |
| 赫焉因子 | |
| 檻の中の火 | |
| 赫焉班、封鎖域へ | |
| 封印された実験体 | |
| 赫焉計画、再起動 | |
| 赫焉班、再臨 | |
| 赫焉の檻、再び | |
| 赫焉計画、原点 | |
| 赫焉反応、暴走 | |
| 赫焉の檻、解放 | |
| 檻の中の記録 | |
| E-00 -檻の番人- | |
| 檻の記憶 | |
| 赫焉の扉 | |
| 檻の輪郭 | |
| E-09、目覚め | |
| 赫焉の兄弟 | |
| 封環機構の影 | |
| 根源機構 | |
| 実験官の記憶 | |
| 赫焉の檻、解放 | |