5年ぶりに故郷であるシンオウ地方に帰ってきた主人公。ある目的のために有名なナナカマド研究所を訪れるが、突如としてテンガン山でポケモンが謎の大移動をしているとの情報が入る。その調査へ主人公に白羽の矢が当たり、主人公はテンガン山へ向かうことになった。
そこで主人公はある謎のポケモンと遭遇する。その正体を探るためにホウエン地方に赴くと、、、?

これは人とポケモンの絆がもたらす物語