ゾイドワイルドから200年後、新地球暦1245年、世界はネオデスメタル帝国によって支配され、各地で帝国に対するレジスタンスが立ち上がり、再び戦乱の時代を迎えていた。
そんな中、帝国に捕らえられていた伝説のビーストライガーにシーザーと名付け、相棒となった少年ウィルは謎の少女エマと共に旅に出かけ、その戦いに巻き込まれ、人とゾイドが共存する世界を目指すために戦う物語である。
そんな中、帝国に捕らえられていた伝説のビーストライガーにシーザーと名付け、相棒となった少年ウィルは謎の少女エマと共に旅に出かけ、その戦いに巻き込まれ、人とゾイドが共存する世界を目指すために戦う物語である。
| 第１話 「ライガーと少年」 | |
| 第２話 「襲いかかる竜爪」 | |
| 第３話 「旅立ち」 | |
| 第４話 「奴隷都市」 | |
| 第5話 「赤い翼」 | |
| 第６話 「弾幕の幻狐」 | |
| 第７話 「ウィルの試練」 | |
| 第８話 「電撃の参謀」 | |
| 第９話 「ラプトールの少女」 | |
| 第10話 「最凶ゾイドの系譜」 | |
| 第11話 「駆け抜けろ、ウルフ」 | |
| 第12話「レジスタンス召集」 | |
| 第13話「スナイプテラを攻略せよ」 | |
| 第14話「皇子と少女」 | |
| 第15話「ロボットの都市」 | |
| 第16話「ディメパルサーと少女」 | |
| 第17話「脅威！ダブルドライパンサー」 | |
| 第18話「再会」 | |
| 第19話「新帝国誕生」 | |
| 第20話「皇帝出陣」 | |
| 第21話「灼熱の破壊竜」 | |
| 第22話「甦れ、シーザー」 | |
| 第23話「新生！ライジングライガー」 | |
| 第24話「立ちはだかる竜爪」 | |
| 第25話「決戦！デスロッキー」 | |
| 第26話「新皇帝誕生」 | |
| 第27話「囚われのエマ」 | |
| 第28話「漆黒の戦士 闇のライガー」 | |
| 第29話「激突、シーザーVSダークライガー」 | |
| 第30話「甦るオメガレックス」 | |
| 第31話「それぞれの道」 | |
| 第32話「暗黒の破壊要塞」 | |
| 第33話「南極の決戦」 | |
| 第34話「超進化、シーザー」 | |
| 第35話「決着、ダークライガー」 | |
| 第36話「ワイルドブラスト、ギルラプター」 | |
| 第37話「復活、二大破壊龍」 | |
| 第38話「グラビティキャノン始動」 | |
| 第39話「迎え撃て、二大破壊龍」 | |
| 第40話「狙い撃て、ゴルド」 | |
| 第41話「海底神殿」 | |
| 第42話「ギルラプターの男」 | |
| 第43話「ダブルギルラプター」 | |
| 第44話「旧デスメタルの遺産」 | |
| 第45話「先帝復活」 | |
| 第46話「古の皇帝龍」 | |
| 第47話「同盟軍集結」 | |
| 第48話「デスレックス紫龍」 | |
| 第49話「二大破壊龍を奪還せよ」 | |
| 第50話「帝都奇襲」 | |
| 第51話「最強龍の目覚め」 | |
| 第52話「デスレックス獄炎龍」 | |
| 第53話「究極完全龍 アルティメットゼログライジス」 | |
| 第54話「最終決戦 シーザーVSアルティメットゼログライジス」 | |
| 第55話(最終話)「未来を切り拓け、ライガー」 |