ゾイドワイルドから200年後、新地球暦1245年、世界はネオデスメタル帝国によって支配され、各地で帝国に対するレジスタンスが立ち上がり、再び戦乱の時代を迎えていた。
そんな中、帝国に捕らえられていた伝説のビーストライガーにシーザーと名付け、相棒となった少年ウィルは謎の少女エマと共に旅に出かけ、その戦いに巻き込まれ、人とゾイドが共存する世界を目指すために戦う物語である。
そんな中、帝国に捕らえられていた伝説のビーストライガーにシーザーと名付け、相棒となった少年ウィルは謎の少女エマと共に旅に出かけ、その戦いに巻き込まれ、人とゾイドが共存する世界を目指すために戦う物語である。
- 第１話 「ライガーと少年」 (改)
- 第２話 「襲いかかる竜爪」 (改)
- 第３話 「旅立ち」 (改)
- 第４話 「奴隷都市」 (改)
- 第5話 「赤い翼」 (改)
- 第６話 「弾幕の幻狐」 (改)
- 第７話 「ウィルの試練」 (改)
- 第８話 「電撃の参謀」 (改)
- 第９話 「ラプトールの少女」 (改)
- 第10話 「最凶ゾイドの系譜」 (改)
- 第11話 「駆け抜けろ、ウルフ」 (改)
- 第12話「レジスタンス召集」 (改)
- 第13話「スナイプテラを攻略せよ」 (改)
- 第14話「皇子と少女」 (改)
- 第15話「ロボットの都市」 (改)
- 第16話「ディメパルサーと少女」 (改)
- 第17話「脅威！ダブルドライパンサー」 (改)
- 第18話「再会」 (改)
- 第19話「新帝国誕生」 (改)
- 第20話「皇帝出陣」 (改)
- 第21話「灼熱の破壊竜」 (改)
- 第22話「甦れ、シーザー」 (改)
- 第23話「新生！ライジングライガー」 (改)
- 第24話「立ちはだかる竜爪」 (改)
- 第25話「決戦！デスロッキー」 (改)
- 第26話「新皇帝誕生」 (改)
- 第27話「囚われのエマ」 (改)
- 第28話「漆黒の戦士 闇のライガー」 (改)
- 第29話「激突、シーザーVSダークライガー」 (改)
- 第30話「甦るオメガレックス」 (改)
- 第31話「それぞれの道」 (改)
- 第32話「暗黒の破壊要塞」 (改)
- 第33話「南極の決戦」 (改)
- 第34話「超進化、シーザー」 (改)
- 第35話「決着、ダークライガー」 (改)
- 第36話「ワイルドブラスト、ギルラプター」 (改)
- 第37話「復活、二大破壊龍」 (改)
- 第38話「グラビティキャノン始動」 (改)
- 第39話「迎え撃て、二大破壊龍」 (改)
- 第40話「狙い撃て、ゴルド」 (改)
- 第41話「海底神殿」 (改)
- 第42話「ギルラプターの男」 (改)
- 第43話「ダブルギルラプター」 (改)
- 第44話「旧デスメタルの遺産」 (改)
- 第45話「先帝復活」 (改)
- 第46話「古の皇帝龍」 (改)
- 第47話「同盟軍集結」 (改)
- 第48話「デスレックス紫龍」 (改)
- 第49話「二大破壊龍を奪還せよ」 (改)
- 第50話「帝都奇襲」 (改)
- 第51話「最強龍の目覚め」 (改)
- 第52話「デスレックス獄炎龍」 (改)
- 第53話「究極完全龍 アルティメットゼログライジス」 (改)
- 第54話「最終決戦 シーザーVSアルティメットゼログライジス」 (改)
- 第55話(最終話)「未来を切り拓け、ライガー」 (改)