貴真賀（たかまが）中央大学と、その系列校を中心に造られた学園都市である布留杜（ふるもり）市、その中の照羅巣（てらす）高校に通う普通の高校二年生の晴河時雨（はれかわしぐれ）はある時後輩の暁凪桜（あかつきなお）と共にモノノケ･リュウジンと出会う。
そしてリュウジンによって仮面ライダー妖魔（ようま）として人々を脅かすモノノケとの戦いの渦に叩き込まれた時雨は、津久代（つくよ）高校に通う二年生の日島汰月（ひしまたつき）/仮面ライダー霊魂（れいこん）や佐乃緒（さのお）高校に通う二年生の降谷賢昇（ふるやけんしょう）/仮面ライダー幽冥（ゆうめい）などと出会い、時に対立、時に協力しながらモノノケに立ち向かっていく…！
そしてリュウジンによって仮面ライダー妖魔（ようま）として人々を脅かすモノノケとの戦いの渦に叩き込まれた時雨は、津久代（つくよ）高校に通う二年生の日島汰月（ひしまたつき）/仮面ライダー霊魂（れいこん）や佐乃緒（さのお）高校に通う二年生の降谷賢昇（ふるやけんしょう）/仮面ライダー幽冥（ゆうめい）などと出会い、時に対立、時に協力しながらモノノケに立ち向かっていく…！
- 予告とあらすじとご挨拶
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第一章「三人の仮面ライダー編」
- 第壱話「物語始動とモノノケとの出会い」 (改)
- 第弍話「雨天疾走！最初の依頼！」 (改)
- 第参話「路地迷宮ともう一人の仮面ライダー」 (改)
- 第肆話「神社調査と新たな風」 (改)
- 第伍話「同盟と悪党襲来！？」 (改)
- 第陸話「大池横綱と悪の仮面ライダー！」 (改)
- 第漆話「暴走車両を乗りこなせ！」 (改)
- 第捌話「山中修行とアブナイ鳥」
- 第玖話「学祭開幕！真実を見破れ！」 (改)
- 第拾話「アイツは誰だ！？三者共闘！」 (改)
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第二章「新たな力編」
- 第拾壱話「目覚めし者は、凶悪暴君」
- 第拾弍話「迫る脅威と聖獣降臨！！」 (改)
- 第拾参話「聖獣来訪！ハイテンション･パニック！？」 (改)
- 第拾肆話「友情再結！二人の約束！」 (改)
- 第拾伍話「生生流転の新パワー！」 (改)
- 第拾陸話「俺の勢いは活火激発！」 (改)
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第三章「学園争乱編」
- 第拾漆話「学園開戦と広がる暗雲」 (改)
- 第拾捌話「明かされる秘密と救出作戦」
- 第拾玖話「強敵進化！？アイツの覚悟！」 (改)
- 第弐拾話「止められない戦乱…混沌加速！？」
- 第弐拾壱話「龍神覚醒！手掛かりは幽世にあり！」 (改)
- 第弐拾弍話「緊急参戦！？新たな刺客！」 (改)
- 第弐拾参話「深まる迷い…糸口模索」 (改)
- 第弍拾肆話「真打登場！二人の覚醒！」 (改)
- 第弍拾伍話「先輩後輩の道のり」
- 第弍拾陸話「雪魄氷姿！それが彼女の在り方！」 (改)
- 第弍拾漆話「友情の三者団結！」 (改)
- 第弍拾捌話「戦乱決着を目指して」 (改)
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第四章「イザナミ編」
- 第弐拾玖話「頭脳明晰な彼女の秘めた夢」 (改)
- 第参拾話「祝新学年！やってきたのは挑戦者！？」 (改)
- 第参拾壱話「忍び寄る影！激情爆発！」 (改)
- 第参拾弍話「怒りさえも力に！感情爆発！！」 (改)
- 第参拾参話「楽しい修学旅行へさあ行こう！」 (改)
- 第参拾肆話「変幻自在！幻じゃない想いのために」 (改)
- 第参拾伍話「邪神出現…彼女との別れ」 (改)
- 第参拾陸話「抱える憂い、事態混迷」 (改)
- 第参拾漆話「受け継がれる因縁、到来曇天」
- 第参拾捌話「最強妖魔！最高の結末を目指して！」 (改)
- 第参拾玖話「恋情行方と蠢く悪意」 (改)
- 第肆拾話「我武者羅にでも取り戻したい想い」 (改)
- 第肆拾壱話「交換留学！花開くアイツの初恋！？」 (改)
- 第肆拾弍話「地獄絵図こそが俺の行く道」 (改)
- 第肆拾参話「奪還作戦！紡いできた奇跡！」 (改)
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最終章「ヌラリヒョン編」
- 第肆拾肆話「因縁収束を誓う彼等の想い」 (改)
- 第肆拾伍話「決戦勃発！人とモノノケの生きる道」 (改)
- 第肆拾陸話「三者並立！明日を掴め！」 (改)
- 第肆拾漆話「夏の思い出と計画全貌」 (改)
- 第肆拾捌話「不屈闘魂で立ち向かえ！」 (改)
- 第肆拾玖話「最終決戦！それぞれの大一番！」 (改)
- 最終話「ハッピーエンドの願いと物語閉幕！」 (改)
- 特別編「卒業之刻、そしてこれからの物語」 (改)
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劇場版
- 「劇場版仮面ライダー妖魔 アナザーノーマルエンド」本予告 (改)
- 劇場版仮面ライダー妖魔 アナザーノーマルエンド (改)
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ファイナルステージ
- 仮面ライダー妖魔 ファイナルステージ (改)
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各種設定集
- 仮面ライダー妖魔 フォーム図鑑 (改)
- 仮面ライダー霊魂 フォーム図鑑 (改)
- 仮面ライダー幽冥 フォーム図鑑 (改)
- 暗夜丸/仮面ライダー暗夜 フォーム図鑑 (改)
- 仮面ライダー氷雪 フォーム図鑑 (改)
- 仮面ライダー夢幻 フォーム図鑑 (改)
- 仮面ライダー禍炎 フォーム図鑑 (改)
- 仮面ライダー神羅 フォーム図鑑 (改)
- 仮面ライダー黄泉 フォーム図鑑
- 仮面ライダー伏魔 フォーム図鑑
- オンミョウトルーパー 解説
- メカ･武器 (改)
- 裏話①
- 新章開幕記念&告知 (改)
- 妖魔最強フォームテーマ曲（歌詞のみ）