隣国との南西諸島をめぐる領土紛争により、“護衛艦むらくも”は撃沈された。

 その護衛艦の記憶を持つ青年・海尾守は、自分が“巨大人型機動兵器・深海棲棲艦”が跳梁跋扈する【艦隊これくしょん】の世界に居ることを知る。

 深海棲艦に対抗するため、世界各国は最新鋭技術で建造した軍艦と、それをワンマンコントロール可能な特殊技能保持者“艦娘”を実戦投入し対抗していた。

 しかし深海棲艦という脅威があるにもかかわらず、未だ人類は国家間の対立を止めようとはしていなかった。

 正体不明の深海棲艦の襲撃、そして国家間の陰謀が渦巻く波乱の海へ、海尾は今日も艦娘たちと共に出撃する!

 そこで、彼らを待ち受ける運命とは・・・


 以下、簡単な世界観説明。

・艦娘は実物大の艦艇に乗り込み操縦する「蒼き鋼のアルペジオ」方式
・艦娘は人間。名前は艦名をコードネームとして名乗っている。
・深海棲艦は全長100メートル越えの巨体揃い。
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