一崎天音(ひとさきあまね)はウイッチとして発現していたものの、使い道の見つからない固有魔法に加え、航空歩兵どころか陸戦用ストライカーにも反応しなかったため、友達の活躍を見守る日々を送っていた。
そんなとき、2機合体したようなネウロイが現れる。それは人類が始めて対峙する海に対応したネウロイ、それも潜水型ネウロイだった。対策部隊の切り札として天音は親友 筑波優奈(つくばゆうな)に推薦され扶桑海軍に召喚される。
ここに一崎天音、零式水上偵察脚を操る筑波優奈、二式水上戦闘脚を駆る下妻千里(しもづませんり)を乗せた特設水上機母艦「神川丸」は、人類初となる潜水型ネウロイとの戦いに挑む。

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