プラント自治権確立のために戦うコーディネイター達の義勇軍であるザフト。
プラントの独立を阻もうとする地球連合。
両勢力の争いは、プラント利権を巡る戦争から、互いの人種を憎しみ合う戦争に様相を変えていた。
 
地球連合ユーラシア連邦軍に所属する、コーディネイターでありながらザフトと戦う道を選んだMSパイロットのユウ・ナガト、ミハエル・クズネツォフ、ミランダ・トゥハエフスカヤ。彼らは様々な残骸が多く漂うデブリベルトにて、座礁した地球連合軍の輸送艦艇の救助任務に従事していた。
周囲の索敵を行っていたユウは、大西洋連邦のMA部隊に襲われる民間の宇宙シャトルを発見する。
民間人への意図的な攻撃は重大な国際法違反。
直ちに停止するように呼びかけるが、MA部隊は一応友軍であるユウ達にも攻撃を仕掛けてきた。
止むを得ずMA部隊を撃破したユウ達は、襲われていたシャトルを保護する。
民間機であることを承知の上で大西洋連邦が攻撃していたそのシャトルには、プラント最高評議会議長シーゲル・クラインの娘であるプラントの歌姫、ラクス・クラインが搭乗していた。
 
プラント独立のために戦う義勇軍“ザフト”に属するラウ・ル・クルーゼは、大西洋連邦による新兵器開発の情報を入手し、その強奪を図るべく、中立国であるオーブのスペースコロニー、ヘリオポリスに潜入していた。
しかし、プラント最高評議会の議長シーゲル・クラインよりクルーゼ隊に緊急の通信が入る。
シーゲルの実の娘であるラクスが代表を務めるユニウスセブン追悼式典慰霊団の派遣した査察団を乗せた民間シャトルが、デブリベルトにて大西洋連邦軍に襲撃を受け、それを同じ地球連合のユーラシア連邦軍が保護したという。
クルーゼ隊の旗艦であるヴェサリウスに、ユーラシア連邦の保護したラクスの引き渡しを受けて欲しいというものだった。
プラントのトップからの直々の要請とあれば拒めず、クルーゼは作戦の延期を決定しデブリベルトへと向かうこととなる。
 
その結果、地球連合軍の新型MSのヘリオポリス出発を許すこととなり、戦いの物語が新たな道を開くこととなる。

これはザフトと連合、与する相手を違えたコーディネイターたちの憎しみをぶつけ合い命を削り合う戦争の物語である。
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